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Situado no campus do Instituto Politécnico de Beja, dentro da Escola Superior Agrária, o museu ocupa um edifício claro, de linhas simples e janelas altas. A envolvente é ajardinada, com canteiros de plantas adaptadas ao clima do Alentejo, onde se destacam suculentas e agaves.
O acesso faz-se por um caminho em pedra entre vegetação baixa e árvores que dão sombra, criando um ambiente calmo e académico. A luz entra generosamente pelas fachadas envidraçadas e a zona é ampla e pouco ruidosa, agradável para uma pausa antes ou depois da visita.
O Museu Botânico abriu ao público em 2 de outubro de 2002, depois de anos de recolhas iniciadas na década de 1990 para apoiar o ensino de Botânica Económica. A museografia da sala de exposições foi preparada com o contributo dos Jardins Botânicos de Kew, em Londres, e em 2008 o museu passou a unidade de apoio à formação e ao desenvolvimento do Instituto Politécnico de Beja.
Recebeu o Grande Prémio Nacional Ford Motor Company para a Conservação e Ambiente em 2003 e, no mesmo ano, representou Portugal perante o júri do Prémio UNESCO Sultão Qaboos. Desde 2023 acolhe a Cátedra UNESCO dedicada à Etnobotânica e à salvaguarda do património de base vegetal, reforçando a vocação científica e educativa do espaço.
A coleção tem matriz etnobotânica e mostra a relação entre pessoas e plantas em diferentes culturas. Reúne cerca de dois mil objetos, entre matérias primas e artefactos, apresentados em exposições temporárias e de longa duração com temas que vão da história do uso das plantas a abordagens mais contemporâneas.
Entre as peças encontram se exemplos pouco comuns, como uma camisa feita com fibras de folhas de ananaseiro, incenso de Omã, bálsamo de Gileade, especiarias raras, cocos do mar com dimensões impressionantes, marfim vegetal, colares de âmbar e de azeviche, cestos de palma e juncos, assim como trabalhos em palha de trigo e esculturas de miolo de figueira. Destaca se ainda a referência ao pinheiro wollemi, fóssil vivo que esteve durante anos associado ao museu, sinal do interesse pela conservação e pela história natural.
Coordenadas DD: 38.01413722149642,-7.874328790722356
Coordenadas DMS: 38°00'50.9"N 07°52'27.6"W